Probablemente los equipos científicos más valiosos con los que cuenta el B.I.O. Hespérides son las ecosondas multihaz. Está equipado con dos de estos sistemas, uno de ellos capacitado para trabajar en aguas profundas, desde 200 m hasta 12.000 m, y el segundo, complementario al anterior, operativo en aguas someras, desde 3 m hasta 400 m. Con esta instrumentación realizamos una cartografía batimétrica de alta resolución, es decir, podemos obtener mapas del relieve de los fondos marinos con mucha precisión; algo similar a los mapas topográficos de tierra pero, en este caso, del lecho marino.
El funcionamiento de estos equipos, situados en la quilla del barco, se basa en la transmisión de múltiples haces de sonido, que viajan por el agua con la forma de un abanico transversal a la dirección de avance del barco. Cuando cada una de estas ondas sonoras llega al fondo oceánico, parte de su energía rebota hacia la superficie y es recibida por los sensores de la ecosonda, con lo que se calcula el tiempo que han tardado ir hasta el fondo y volver. Conociendo además la velocidad con que viaja el sonido y sus variaciones a lo largo de toda la columna de agua, se puede calcular de forma bastante sencilla la profundidad a la que ha rebotado el eco. Si esto se hace para cada uno de los haces de sonido que se emiten y reciben de una sola vez, lo que obtenemos es una banda de sondas o medidas de profundidad en la dirección transversal al avance del barco. Al repetir este procedimiento según va desplazándose el buque, la suma de las sucesivas bandas de sondaje da como resultado una franja ancha de medidas de batimetría del fondo marino sobre el que se ha navegado.
La adquisición de datos batimétricos con las ecosondas multihaz no se detiene casi nunca durante la campaña, y hay que vigilar que la adquisición de los datos es adecuada. Para eso, los científicos que estamos a bordo nos organizamos en turnos de guardia repartidos a lo largo de las 24 horas del día.